A disciplina de Anatomofisiologia II é leccionada no 2º semestre do 1º ano e visa o conhecimento integrado da estrutura e fisiologia dos sistemas e aparelhos que contribuem para a manutenção das funções vitais, assim como dos sistemas reguladores internos (Sistema Nervoso Autónomo e Sistema Endócrino). Outros objetivos consistem no desenvolvimento: de competências experimentais relacionadas com algumas funções orgânicas, da capacidade reflexiva e espírito crítico acerca dos conhecimentos transmitidos e da cooperação e respeito mútuo.